史料记载，东汉建安十六年（211年），孙权将其政治中心从京口（今镇江）迁至秣陵（今南京）。次年（212年），孙权在石头山金陵邑原址筑城，取名石头城。石头城城周“环七里一百步，缘大江，南抵秦淮口，去台城九里，自六朝以来，皆守石头以为固，以王公大臣领戍军为镇，其形胜盖必争之地”。城内设有石头仓、石头库，用于储存军粮和兵械。在城头、山顶、沿江筑有烽火台。其城基，部分利用了原有石头山峭壁，人工修筑部分“吴时悉为土坞”。其地势，“因山以为城，因江以为池，地形险固，尤有奇势”。

　　经国家文物局批准，2016年6月至2017年2月，南京大学历史学院、南京大学文化与自然遗产研究所和清凉山公园管理处组成联合考古队，对南京清凉山公园内六朝石头城北垣遗迹进行了考古发掘，发掘面积约600平方米，发现了孙吴时期的顺城垣砖铺路面、东晋至南朝早期夯土城墙和角楼遗迹、南朝晚期的城门遗迹、六朝时期的瓦当和铭文砖等，展现出石头城不断修缮、传承使用的历史过程及六朝城垣的建筑特征。

　　近日，江苏省文物局组织论证会，专家们一致认为，此次考古发现是历年来石头城考古中取得的最重要的一次发现。城门的门道、夯土城垣及包砖墙、角楼等要素基本清楚，同时出土的模印“石头”“官”等铭文的城砖标本及瓦当等，对了解孙吴至隋唐时期石头城的性质、文化面貌和历史沿革等具有重要意义。